V souvislosti se vstupem České republiky do Evropské unie vyplynula v oblasti životního prostředí povinnost připojit se k jednotné soustavě evropsky významných chráněných území zvaných Natura 2000. Tato soustava vychází ze dvou evropských směrnic 79/409/EHS o ochraně volně žijících ptáků a 92/43/EHS o ochraně přírodních stanovišť, volně žijících živočichů a planě rostoucích rostlin. Soustava je tvořena dvěma typy lokalit, které se mnohde překrývají.
Tzv. Ptačí oblasti (PO) byly vybrány na základě odborných znalostí ornitologů a byly vyhlášeny v roce 2004. Ptačí oblast Šumava byla vyhlášena pro devět ptačích druhů: tetřev hlušec (Tetrao urogallus), tetřívek obecný (Tetrao tetrix), jeřábek lesní (Bonasa bonasia), chřástal polní (Crex crex), čáp černý (Ciconia nigra), datel černý (Dryocopus maritus), kulíšek nejmenší (Glaucidium passerinum), sýc rousný (Aegolius funereus), datlík tříprstý (Picoides tridactylus). Mezi nejvíce ohrožené druhy patří tetřívek, jehož početnost poslední dobou neustále klesá. Jednou z hlavních příčin jeho mizení je kromě rušení člověkem také úbytek vhodných biotopů. Ke svému životu potřebuje mozaiku rašelinišť, otevřených ploch horských luk nebo pasek, lesních porostů různého stáří. Uškodilo mu i v minulosti prováděné odvodňování rašelinišť a podmáčených smrčin, kde nachází vhodná stanoviště s dostatečnou potravní nabídkou. Některé aktivity projektu jsou přímo zaměřeny na zlepšení jeho životního prostředí (obnova rašelinných biotopů, prořezávky sukcesních ploch, sečení opuštěných vlhkých luk).
Po zjištění aktuálního stavu přírodních stanovišť, které se provádělo mapováním podle jednotné metodiky v letech 2000 – 2004, byly navrženy nejcennější části území České republiky jako budoucí Evropsky významné lokality (EVL) soustavy Natury 2000 a v kombinaci s lokalitami expertně vymezenými pro evropsky významné druhy vznikl tzv. Národní seznam. Předpokládalo se, a taková je i skutečnost, že většina navrhovaných lokalit leží již v současné době chráněných územích (NP, CHKO, maloplošná CHÚ). Je tedy celkem logické, že i Národní park Šumava a Chráněná krajinná oblast Šumava jsou v systému zahrnuty.
Mezi nejcennější (prioritní) biotopy, které jsou předměty ochrany EVL Šumava patří rašelinné lesy nebo aktivní vrchoviště. Jejich významná část je zahrnuta do území řešeného projektem, protože jako většina mokřadů byla v minulosti poškozena odvodněním a právě nápravou narušeného vodního režimu projekt přispěje ke zlepšení jejich stavu. Tyto biotopy také obývá střevlík Ménetriesův (Carabus menetriesi pacholei) – prioritní druh, předmět ochrany EVL. Je téměř striktně vázán na bezlesé, dostatečně zamokřené plochy s převahou rašeliníku. Proto také i jemu by měly velmi prospět revitalizační opatření, která se budou v rámci projektu provádět a která povedou k regeneraci mokřadních biotopů.
Kromě vymezení vlastních lokalit soustavy Natura 2000, má Česká republika povinnost průběžně sledovat stav všech předmětů ochrany a každých 6 let o něm informovat Evropskou komisi. Předpokládáme, že po dokončení projektu se efekt provedených opatření projeví i v následující hodnotící zprávě.
